今回背景に線画を使っていないのであまり意味がない気もしますが、一応やっておきます。
人物と背景を分けて作業するために選択範囲を保存しておきます。
主線の上に【背景】という名前の新規レイヤーを作成。合成方法は"乗算"にしました。

薄い紫で背景に色をつけていきます。
ブラシは「ペン」を使います。はみ出たところは「消しゴム(フラット)」で消します。



「バケツツール」で塗りつぶすと楽です。
塗り終わったら「色選択」をします。「自動選択」でもいいんですが。


背景を塗った紫を選ぶと背景全体が選択されます。
赤い部分が選択されている所。「OK」をクリック。
塗り残しなどで選択されていないところがないか確認し、大丈夫なら「選択範囲の保存」をします。

分かりやすい名前をつけて保存します。